中央财政农业资源及生态保护补助资金主要用于耕地质量提升、渔业资源保护、草原保护利用奖补、农业废弃物资源化利用等方面的支出。
　　一、支持耕地质量提升
　　（一）加强耕地保护与质量提升。一是开展化肥减量增效示范。选择一批节肥潜力大的重点县开展化肥减量增效示范，引导企业和社会化服务组织开展科学施肥技术服务，支持农户和新型农业经营主体应用化肥减量增效新技术新产品，着力解决限制化肥使用过量、利用率不高的突出问题。选择部分县开展肥料包装废弃物回收处理工作试点。继续支持做好取土化验、田间肥效试验、肥料配方制定发布、测土配方施肥数据成果开发应用等工作。二是开展退化耕地治理。选择一批耕地质量退化情况突出的重点县开展退化耕地治理，集中连片推广应用土壤改良、地力培肥、治理修复综合技术模式，提升耕地质量等级，强化耕地增产稳产能力。在土壤酸化区域，集成示范施用石灰质物质和酸性土壤调理剂、种植绿肥还田等治理模式;在土壤盐碱化区域，结合排灌工程措施，集成示范施用碱性土壤调理剂、耕作压盐、增施堆沤有机肥等治理模式。三是加强生产障碍耕地治理。在西南、华南等地区，针对不同耕地生产障碍程度，结合作物品种、耕作习惯等，因地制宜采取品种替代、水肥调控、叶面阻控、农业废弃物回收利用等环境友好型农业生产技术，克服农产品产地环境障碍，提升农产品质量安全水平。四是加强耕地质量等级调查评价。开展县域耕地质量等级年度变更评价，试点补充耕地质量等级评价等工作。
　　（二）实施东北黑土地保护利用及保护性耕作。贯彻落实《东北黑土地保护规划纲要(2017—2030年)》，加强黑土地保护。启动东北黑土地保护性耕作行动计划，支持在适宜区域推广应用秸秆覆盖免(少)耕播种等关键技术，面积达到4000万亩，具体工作另行通知。继续推进东北黑土地保护利用试点，集中展示一批黑土地保护利用综合治理模式，项目县实施示范面积20万亩以上，整建制推进项目县示范面积50万亩以上。
　　（三）推进耕地轮作休耕制度试点。按照中央关于“适当调整轮作休耕试点，扩大轮作、减少休耕，轮作以种植粮食作物为主”的总体要求，继续实施轮作休耕试点。轮作试点主要在东北冷凉区、北方农牧交错区、西北地区、黄淮海地区和长江流域实施，开展粮油等轮作模式，支持南方地区开展稻稻油轮作，恢复发展双季稻。休耕试点主要在河北、黑龙江、新疆地下水超采区实施。具体工作另行通知。
　　二、加强渔业资源保护
　　（一）开展长江流域重点水域禁捕。中央财政采取一次性补助与过渡期补助相结合的方式，对长江流域重点水域禁捕工作给予支持，整体切块下达，由各沿江省市统筹使用。具体要求按照《农业农村部、财政部、人力资源社会保障部关于印发〈长江流域重点水域禁捕和建立补偿制度实施方案〉的通知》(农长渔发〔2019〕1号)执行。
　　（二）实施重点水域渔业增殖放流。在流域性大江大湖、界江界河、资源衰退严重海域等重点水域开展渔业增殖放流。具体要求按照《农业部办公厅关于进一步规范水生生物增殖放流工作的通知》(农办渔〔2017〕49号)执行，加强放流管理，确保放流效果。
　　三、落实草原保护利用奖补政策
　　具体要求按照《农业部办公厅、财政部办公厅关于印发〈新一轮草原生态保护补助奖励政策实施指导意见(2016—2020年)〉的通知》(农办财〔2016〕10号)和《农业农村部办公厅关于进一步做好农牧民补助奖励政策落实工作的通知》(农办牧〔2019〕45号)执行。对农牧民的相关补助奖励资金原则上通过“一卡(折)通”发放，要强化公开公示，广泛接受群众监督，确保及时足额发放到位。
　　四、强化农业废弃物资源化利用
　　（一）全面推进畜禽粪污资源化利用。贯彻落实《国务院办公厅关于加快推进畜禽养殖废弃物资源化利用的意见》(国办发〔2017〕48号)，按照政府支持、企业主体、市场化运作的原则，继续支持畜牧大县开展畜禽粪污资源化利用工作，实现畜牧大县粪污资源化利用整县治理全覆盖，确保2020年如期完成目标任务。支持非整县推进项目县生猪等主要畜种规模养殖场开展粪污治理。
　　（二）促进农作物秸秆综合利用。在全国范围内推进农作物秸秆综合利用工作，实行整县集中推进。各地要结合实际，突出重点地区，坚持农用优先、多元利用的原则，培育一批产业化利用主体，打造一批全量利用样板县，稳步提高秸秆综合利用能力，激发秸秆还田、离田、加工利用等各环节市场主体活力，探索可推广、可持续的秸秆综合利用模式，建立秸秆综合利用稳定运行机制。加强秸秆资源台账建设，完善监测评价体系。
　　（三）推广地膜回收利用。加快建立地膜使用和回收利用机制，继续在内蒙古、甘肃和新疆支持整县推进废旧地膜回收利用，鼓励其他地区自主开展探索，建立健全完善废旧地膜回收加工体系，推动建立经营主体上交、专业化组织回收、加工企业回收、以旧换新等多种方式的回收利用机制，并探索“谁生产、谁回收”的地膜生产者责任延伸制度。严格市场准入，禁止生产使用不达标地膜。支持有条件地区集中开展适宜作物全生物可降解地膜替代和新疆棉区机械化回收农膜。